Virusmutanten finden – Dashboard bietet Übersicht nach Ländern

© SNA / StringerMitarbeiter eines Corona-Krankenhauses in Houston
Mitarbeiter eines Corona-Krankenhauses in Houston - SNA, 1920, 12.03.2021
Wie stark ist die britische Coronavirus-Mutation in Großbritannien verbreitet? Und wie stark in Deutschland? Welche Mutationen gibt es überhaupt und wie laufen sie sich gegenseitig in der Zeit den Rang ab? Auf solche Fragen will künftig die Webseite sarscoverage.org antworten, die öffentliche Datenbanken zu anschaulichen Grafiken zusammenfügt.
Seit dem 19. Januar ist die vom Bundesministerium für Gesundheit verordnete „Coronavirus-Surveillanceverordnung“ in Kraft. Diese sieht vor, dass bundesweit nicht nur getestet, sondern auch das virale Erbgut sequenziert wird. Sequenzieren heißt, das Erbgut komplett aufzuschlüsseln. Ist das Erbgut bekannt, kann ermittelt werden, um welche Virus-Variante es sich konkret handelt: Ob also die getestete Person mit einer britischen Corona-Mutation infiziert ist, mit einer südafrikanischen oder dem Virustypus aus Wuhan.
Die so bundesweit gesammelten Daten werden aus den Laboren dann an das Robert-Koch-Institut (RKI) in Berlin als zentraler Anlaufstelle weitergeleitet, wo ein Gesamtbild des Infektionsgeschehens aus den Einzeldaten zusammengefügt wird. Solche Daten werden anonymisiert auch in verschiedenen Datenbanken veröffentlicht. Seit kurzem gibt die Webseite „sarscoverage.org“ mit einem grafischen Überblick (Dashboard) ein anschauliches Bild der Entwicklung in einer Reihe von Ländern. Derzeit handelt es sich um Deutschland, Frankreich, Großbritannien und die USA.
© Foto : sarscoverage.org
  - SNA, 1920, 11.03.2021
Die Entwicklung der Pandemie in Deutschland im Zeitraum Januar 2020 bis Februar 2021. Anfangs liegt das aus China importierte B.1.000 bei 100 Prozent und fällt dann ab. Im Juni dominiert dann eine Variante mit der Bezeichnung B.1.329 mit über 50 Prozent der Fälle das Geschehen. Seit Dezember steigt die Zahl der Infektionen mit der Variante B.1.1.7 aus Großbritannien, die derzeit etwa 25 Prozent beträgt. Zu berücksichtigen ist, dass die Sequenzierung 2020 nicht systematisch und selten erfolgte.
© Foto : sarscoverage.org
  - SNA, 1920, 11.03.2021
Die Entwicklung der Pandemie in Großbritannien im Zeitraum Januar 2020 bis Februar 2021. Anfangs liegt das aus China importierte B.1.000 bei 100 Prozent und fällt dann ab. Im Juni dominiert dann eine Variante mit der Bezeichnung B.1.329 mit über 50 Prozent der Fälle das Geschehen. Seit Oktober steigt die Zahl der Infektionen mit der britischen Variante B.1.1.7 schnell an und macht gegenwärtig fast 100 Prozent aller Neuinfektionen aus.
© Foto : sarscoverage.org
  - SNA, 1920, 11.03.2021
Die Entwicklung der Pandemie in den USA im Zeitraum Januar 2020 bis Februar 2021. Klar zu sehen ist, dass von Anfang an mehrere Stämme das Infektionsgeschehen bestimmen. In China hatte sich bis zum Auftreten das ursprüngliche Virus in zwei Linien A und B aufgespalten. Die abgebildeten Linien sind Varianten aus diesen beiden Linien und dürften durch mehrere Importe ins Land gekommen sein.
Während es auf den Grafiken so aussieht, als gäbe es einige wenige Mutationen, trügt der Schein. 554 verschiedene Varianten von Sars-Cov-2 fließen in sie ein. Viele von diesen bewegen sich aber die meiste Zeit bei null.
Entwickelt wurde das Dashboard von Wissenschaftlern des Helmholtz-Zentrums für Infektionsforschung in Braunschweig. Die Gruppe wird von Bioinformatikerin Alice McHardy geleitet, die SNA-News ein paar Fragen dazu beantwortet hat.
Frau McHardy, wie erfolgt die Datenerhebung zu Corona-Mutationen und inwieweit bildet sie bereits repräsentativ das Infektionsgeschehen in den betreffenden Ländern ab?
Die Art der Datenerhebung variiert sehr nach Land; man kann den Anteil der sequenzierten Fälle auch auf der Weltkarte sehen. In Großbritannien zum Beispiel wird schon seit Längerem repräsentativ sequenziert – ungefähr fünf Prozent der positiven Tests. In Deutschland ist das nun ab diesem Jahr auch angelaufen. Bald werden wir also auch hier eine repräsentativere Abdeckung haben, mit bis zu fünf Prozent sequenzierten Fällen. Die Daten werden von den sequenzierenden Laboren an das RKI verschickt und von dort dann wiederum – soweit datenschutzrechtlich möglich – in öffentlichen Datenbanken wie GISAID und in einer deutschen Datenbank, die aktuell Wissenschaftler im Rahmen von Decoi erstellen, abgelegt. In Baden-Württemberg sollen sogar bis zu 100 Prozent aller Fälle sequenziert werden. Kleinere Verzerrungen, zum Beispiel durch ungleiche Beiträge verschiedener Landkreise, können natürlich weiterhin auftreten.
Werden alle erfassten Mutationen berücksichtigt?
Es werden aktuell alle bekannten und erfassten Linien mit entsprechenden Mutationen über die Pangolin-Nomenklatur berücksichtigt. Wir arbeiten daran, dass in Zukunft auch eine de-novo-Detektion von Varianten eingebunden wird.
Soll das Dashboard mit der Zeit global werden, also nach Möglichkeit alle Länder beinhalten?
Aktuell haben wir Auswertungen für 24 Länder erstellt, die bereits mehr als 2000 virale Genomsequenzen veröffentlicht haben. Nur für wenige ist das allerdings schon repräsentativ, und es gibt auch einen Timelag, mit der die Daten in öffentlichen Datenbanken abgelegt und verfügbar werden. Daher sind es aktuell interessante Hinweise (hierzu steht auch etwas in der Methodensektion). Sie kommen zu diesen Ländern auch über die Weltkarte (die dunkler gefärbten Länder). Das Auswertungen für alle Länder in absehbarer Zeit möglich sein werden, ist meiner Einschätzung nach aktuell unrealistisch. Es sei denn, es gibt derartige Pläne z. B. von der WHO, das zu unterstützen. Die sind mir dann aber noch nicht bekannt.
An wen richtet sich das Dashboard und welche interessanten Beobachtungen lassen sich dort bereits machen?
Es richtet sich an wissenschaftliche Experten und Laien mit Interesse an der genomischen Surveillance der viralen Diversität (Vielfalt – Anm. d. Red.). Hiermit wollen wir es den Nutzern erleichtern, sich schnell einen Überblick über die aktuell erfassten und in Zukunft auch über potentielle neue Varianten zu verschaffen.
Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf (Archivbild) - SNA, 1920, 11.03.2021
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